新三板的證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)是指中國證券登記結(jié)算有限責(zé)任公司。從名稱可知，其主要職責(zé)是對股份數(shù)量、流轉(zhuǎn)情況進(jìn)行登記及結(jié)算?？梢哉f，證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)是新三板中的服務(wù)者。

　　(一)股份登記與存管

　　擬掛牌企業(yè)應(yīng)與中國結(jié)算深圳分公司簽訂《股份登記服務(wù)協(xié)議》。隨后，企業(yè)會同主辦券商辦理初始股份的集中登記;當(dāng)出現(xiàn)情勢變更時，企業(yè)及券商也應(yīng)當(dāng)在證券登記機(jī)構(gòu)申請相應(yīng)的變更登記;掛牌公司股份終止掛牌后，掛牌公司應(yīng)當(dāng)及時到深圳分公司辦理股份的退出登記。

　　此外，主辦券商應(yīng)將其所托管的非上市公司股份存竹在證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)。

　　證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)是新三板中的掛牌企業(yè)股份的登記機(jī)構(gòu)，也是券商所托管股份的存管機(jī)構(gòu)，證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)對新三板市場股份的流通情況進(jìn)行有效統(tǒng)計，是主辦券商代為申報買賣股份時對可交易股份進(jìn)行核對的依據(jù)和交易的載體。

　　(二)投資者賬戶管理

　　投資者買賣掛牌公司股份，應(yīng)持有中國證券登記結(jié)算有限責(zé)任公司深圳分公司人民幣普通股票賬戶。在2009年合并賬戶改革之后，投資者持有的場內(nèi)市場交易賬戶與新三板市場交易賬戶打通，投資者可以用一個賬戶投資于場內(nèi)市場的任何板塊，以及新三板市場。證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)對投資者賬戶進(jìn)行管理，不但保證了投資者賬戶的安全，同時還防止交易一方做空股份，損害交易對手利益。

　　(三)交收結(jié)算

　　股份轉(zhuǎn)讓完成后，應(yīng)進(jìn)行現(xiàn)金和股份的交收，此時證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)作為交收的中介結(jié)構(gòu)，按照貨銀對付的原則，為掛牌公司的股份轉(zhuǎn)讓提供逐筆全額非擔(dān)保交收服務(wù)。交收后進(jìn)行結(jié)算工作，按照分級結(jié)算原則，證券登記結(jié)算機(jī)構(gòu)根據(jù)成交確認(rèn)結(jié)果辦理主辦券商之問股份和資金的清算交收，主辦券商負(fù)責(zé)辦理其與客戶之間的清算交收。